La Fundación Patagonia Natural tiene su sede operativa y administrativa en la ciudad de Puerto Madryn, provincia del Chubut, Argentina. Sin embargo, desarrolla su trabajo en toda zona costera de la Argentina, que abarca casi 4500 km de costa. Concretamente, su área de acción comprende una vasta extensión que va desde desde el sur del Cabo San Antonio (Punta Rasa, 36° 17′ 22.8″ S, 56° 46′ 52.9″ W), hasta el Canal Beagle, sobre los 55° Sur, como límite sur de la Zona Costera Patagónica.

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